“这几条怎么了?”祁旻问道。
“你等会儿,我这儿正在给你发结构预测结果。”柯栎说道,“行了……你看这几条玩意儿,怎么长得这么奇怪呢?”
祁旻点开他新发的压缩包,打开了其中一条序列对应的预测结果图。这rna的确长得够怪,其实有一部分看起来好像还挺规则,但剩下的部分简直像是压根儿无法形成稳定二级结构一样。
“你这是mrna吧?”祁旻问道,“你是不是忘了除mrna了?”
“不会吧……我是用的别人trim好的数据。”柯栎犹豫地说,“怎么除mrna?”
“你把序列map回基因组上,再把map到编码区的部分都删掉就行了。”祁旻说道。
“哦……”柯栎似懂非懂地答应了一声,又问道,“但我这个应该是已经除过mrna的数据了,rrna和trna也除过了。”
不是mrna又应该是有功能的rna,但是二级结构近乎无定形……祁旻突然想到:“你没去内含子吧?”
真核生物存在rna的剪切,某些具有功能的rna在体内是剪切之后才能发挥作用的。这剪切之前的rna和剪切之后的rna二级结构当然会有所差异。
“你等等……”祁旻在jupyter上开了一个新py文件,导入柯栎给她的这十几条序列,用已有的基因mapping包把它们map到人类基因组上,果然发现其中好几条都map到了同一位点上,只不过有的缺了这几段儿,有点缺了那几段儿,显示出它们事实上是处于剪切过程不同阶段的同一功能性rna的前体。
祁旻把结果发过去,柯栎一下儿就看明白了:“哦……原来这都是前体啊。”
看来他虽然在信息学技术方面不太在行,但生物学的基础还是有的。
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